交通运输系现开设高速铁路乘务、无人机操控与维护、城市轨道交通运营服务3个专业，共设19个教学班级，在校学生970人。系部教学场所位于综合教学楼，实训场所建有高铁模拟舱和无人机实训基地，配备先进的无人机模拟实训系统和室外飞行训练场地，支持学生开展从模拟操作到实地飞行的全流程训练。
系部依托学校举办方新疆华航教育发展有限公司持有的民用无人机驾驶员训练机构合格证，构建“学历教育+技能认证”双轨并进的培养模式，学生在校期间可考取权威无人机驾驶员资质。与石河子大疆创新植保无人机有限公司深度对接，将无人机技术应用于农林植保、低空物流等真实场景，学生在节假日返乡期间参与家乡农业生产服务，实现“课堂学习—田间实践—服务乡村”的良性循环。交通运输系以服务区域低空经济发展为己任，为新疆通用航空产业培养高素质技术技能人才。
