航空工程与商贸系是学校专业覆盖面最广的系部，现开设幼儿保育、电子商务、计算机应用、播音与主持、绘画、物流服务与管理、飞机设备维修、新能源汽车运用与维修等8个专业，共设20个教学班级，在校学生900人。系部教学场所位于综合教学楼，实训场所设在腾飞楼后楼的飞机维修实训中心和信息中心，配备完善的飞机维修设备和信息化教学设施。
系部坚持产教融合办学思路，与新疆双港产业投资发展有限公司、新疆天翔航空学院等企业建立深度合作关系。飞机设备维修专业依托空客A320实体飞机开展实训教学，物流服务与管理专业建有航空物流实训室模拟现代化航空物流作业流程，电子商务与计算机应用专业对接航空产业链数字化需求。航空工程与商贸系构建起覆盖航空维修、物流服务、信息技术、文化艺术等多领域的专业体系，为学生多元发展和高质量就业奠定坚实基础。
